En 1884, à Londres, John Merrick, dit « L’homme éléphant » (John Hurt) est un phénomène de foire comme nombre d’êtres humains affectés de difformités ou d’anomalies physiques congénitales graves. Le « propriétaire » de l’homme éléphant se nomme Bytes (Freddie Jones).

Le D^r Frederick Treves (Anthony Hopkins), grand chirurgien réputé de Londres, intrigué par l’apparence visuelle terrible de l’homme-éléphant, présentant d’atroces difformités monstrueuses qu’il n’avait de sa vie encore jamais vues de ses propres yeux, demande à Bytes de pouvoir l’examiner plus en détail. Le nom de cet être horriblement déformé est John Merrick, il a 21 ans et ne semble pas pouvoir s’exprimer verbalement.

Le D^r Treves emprunte alors l’homme-éléphant à son propriétaire pour quelques jours contre une somme d’argent et l’héberge momentanément dans une chambre de quarantaine de l’hôpital le temps de l’étudier plus en détail et de le présenter à ses confrères lors d’un de ses cours d’anatomie de la faculté de médecine, détaillant ses effrayantes difformités corporelles.

Il décide de le garder dans l’hôpital, le logeant plus ou moins secrètement (avec l’accord du directeur de l’établissement, Sir Carr Gomm (John Gielgud), bien que réservé) dans une chambre individuelle pour ne pas choquer les autres patients.

Mais Bytes somme le D^r Treves de lui rendre l’homme-éléphant, son « gagne-pain », ce que Treves refuse, soutenu par le directeur de l’établissement.