Section Spéciale s’inscrit dans le cycle des films politiques de Costa-Gavras : Z (1969), L’Aveu (1970), État de siège (1972), ainsi que le film d’Henri Verneuil, I… comme Icare (1979) tous les quatre avec Yves Montand dans le rôle principal, alors qu’ici ce dernier n’apparaît que de manière fugace. Ces films ont pour fil conducteur les rapports entre le monde politique et la justice, et Section Spéciale n’y fait pas exception. Cependant, contrairement à ses prédécesseurs, Section Spéciale n’est pas une demi-fiction réalisée au départ d’événements réels, mais une reconstitution minutieuse d’événements historiques, essentiellement établie d’après l’œuvre de Hervé Villeré qui s’est basé non pas sur les archives judiciaires françaises — dont l’accès lui a été refusé — mais sur des archives allemandes.

L’affaire des sections spéciales sera pour beaucoup dans la condamnation à mort de Pierre Pucheu à Alger, en mars 1944⁸. Elle constitue une base de départ pour une discussion à caractère historique sur la politique de collaboration : les collaborateurs y voyaient un moyen de limiter les représailles des Allemands, et surtout de diriger celles-ci vers des Français « d’une moindre qualité » ; les partisans de De Gaulle lui reprochaient non seulement de soumettre la Justice française à l’occupant, mais surtout d’établir d’odieuses distinctions entre Français.

Cette affaire met en évidence le rôle personnel joué par Pétain. Il ne subit en cette occasion aucune pression directe des Allemands, contrairement aux événements du 13 décembre 1940⁹ par exemple. Costa-Gavras « représente » Pétain en ne le montrant pas : on entend sa voix, on voit ses mains et ses manches (constellées d’étoiles), mais on ne voit jamais son visage. L’effet de ce procédé est assez inhabituel et impressionnant. Costa-Gavras dépeint l’atmosphère très particulière de Vichy en 1941. Trois aspects sont mis en exergue : le caractère presque ridicule de l’entassement d’un gouvernement dans une petite ville de province, l’importance capitale, pour la population des deux zones, des décisions prises dans un contexte aussi inapproprié, et la quasi-déification de Pétain, paraissant planer au-dessus des événements. Alors que le sujet du film est plutôt « ciblé », pratiquement toutes les « personnalités » du régime de Vichy défilent à l’écran, y compris Fernand de Brinon (dont on précise qu’il a restauré son château de la Chassagne — Felletin, dans la Creuse — grâce aux fonds secrets), Jean-Pierre Ingrand¹⁰ et Georges Dayras pour la zone occupée. Même l’ambassadeur des États-Unis, l’amiral William Leahy apparaît dans le film.

Les rôles les plus importants ne sont pas dévolus aux acteurs les mieux connus : des célébrités comme Michel Galabru, Yves Robert, Pierre Dux, Bruno Crémer et Jacques Perrin n’y tiennent que des seconds rôles.

Le morceau Impromptus Hongrois (Moment musical op.94 n°3 en fa mineur D.794) de Schubert est interprété lors du dîner réunissant le commandement militaire allemand.

• Bien que très ressemblant, le discours de Pétain diffusé à l’issue de Boris Godounov n’est pas l’enregistrement originel, lequel comporte trop de grésillements. Le texte d’origine se termine par « c’est de vous-mêmes que je veux vous sauver », tandis le discours du film se termine par « c’est de vous-mêmes que j’entends vous sauver ».
• Contrairement à ce que prétend un dialogue du film, Pierre Pucheu ne s’est jamais battu dans les rangs nationalistes durant la guerre civile espagnole
• La tenue de l’amiral Darlan semble ne comporter que quatre étoiles sur les manches et une seule couronne de feuilles de chêne sur le bandeau de la casquette : pour un amiral de la Flotte, ces nombres devraient normalement être, respectivement, cinq et deux.
• La décoration de la Francisque, portée notamment par Pucheu et Brinon, ne correspond pas au modèle officiel dépourvu d’anneau et d’argent.
• La dague portée par Alfons Moser semble être du modèle de la Heer (armée de terre) et non de la Kriegsmarine.
• Devant l’hôtel du Parc, les « plaques » portant ce nom sont en réalité des panneaux de carton placés trop loin, de part et d’autre de l’entrée. En outre, l’hôtel précédant l’hôtel du Parc en venant des sources est le Majestic et non l’hôtel Thermal (actuel hôtel Aletti Palace). De même, l’hôtel des Célestins n’est visible ni depuis l’hôtel du Parc ni depuis le Pavillon Sévigné (lors d’un Conseil des ministres, l’un de ses membres regarde par la fenêtre et « voit » l’hôtel des Célestins).
• Au début du film, on parle de conseils des ministres restreints, tenus hors la présence du garde des Sceaux : cela ne correspond pas à la réalité.
• On voit que le procureur de l’État, Gabolde, est affecté d’une boiterie : il avait effectivement été amputé d’une jambe pendant la Grande Guerre.
• Il est assez étonnant de voir, lors de l’arrivée de M^e Lafarge à Vichy, la loge du maréchal Pétain gardée par des soldats, avec baïonnette au canon, portant à l’été 1941 la lourde capote et le casque de 1940 : le Maréchal disposait de sa Garde personnelle revêtue d’un uniforme spécifique (casque et tunique de cuir des troupes de cavalerie, notamment). De même, l’officier présent à ce moment aurait été un officier de gendarmerie.
• Les noms et les prénoms des prévenus sont exacts. On les trouve sur des plaques commémoratives ou parmi les 13 fusillés de Caen.